一、聚类分析中的距离（相似性）尺度函数

距离尺度函数的选择取决于研究者想发现哪种类型的关系。常用的表达相似性尺度有几何距离、线性相关系数、非线性相关系数和互信息等。明氏距离在考查两物体的相似性时没有考虑不同分量量纲差异的影响，所以用明氏距离作相似性尺度时应该先对数据进行标准化处理，消除不同分量之间的量纲差异。几何距离比较适合于衡量样本间的相似性，或者基因在样本空间（如不同组织间）的相似性。如图7-19所示，图中描述了三个基因在五个时间点的基因表达水平波动，如果用几何距离进行衡量，则基因2和基因3相似性高，而基因1在空间上离基因2和基因3较远会判 ......