在细菌中,噬菌体载体是另外一类常用的克隆载体。和质粒不同的是,噬菌体载体通过感染过程即转导进入宿主大肠杆菌细胞。常用的大肠杆菌噬菌体载体有λ载体和M13载体。通常,作为克隆载体的噬菌体,都经过一定的突变和缺失处理。因此,这类噬菌体进入大肠杆菌细胞之后,并不像一般噬菌体那样在宿主染色体上整合,而是直接进入裂解周期:大量复制噬菌体、裂解宿主细胞,最终在培养基上形成含有大量噬菌体拷贝的噬菌斑。和质粒载体相比,噬菌体载体能够克隆更长的DNA片段。有些噬菌体载体的中间片段带有编码β半乳糖苷酸的基因。2 ﹒单链噬菌体 ......