第二节 相似性与距离、计分与罚分、替换矩阵

相似性与距离是两个定量描述多个序列相似程度的度量。使用相似性时，比对计分给出被比对序列间的相似程度，使用距离时，比对计分给出被比对序列间的差异程度。相似性既可用于全局比对也可用于局部比对，而距离一般仅用于全局比对，因为它反映了把一个序列转换成另一个序列所需的字符替换的耗费。可把PAM矩阵转换为一个蛋白质比对计分矩阵，这里PAMi，j是PAM矩阵中的反映氨基酸j被氨基酸i替换的概率的单元，pi是氨基酸i在全部蛋白质中出现的频率PAM实际上是一个包含多个矩阵的家族，需要不同PAM矩阵的原因是，当考虑被比较序列 ......