国际上影响较大和普遍采用的细菌分类系统是伯杰(Bergey)分类系统。手册主要依据表型将细菌划分为35群,所包含的菌群中除了1980年发表的《批准的细菌名称目录》的属外,还包括了目前尚未生效的种群,甚至一些没有正式分类命名的如与昆虫共生的不可培养的细菌等,目的是激发细菌学家注意研究这些被忽视的种群。新版手册中将所有细菌归属于原核生物界,对细菌的高级分类作了重新安排,以细菌细胞壁的结构特点,将原核生物界分为4个菌门:薄壁菌门(Gracilicutes,包括暗细菌纲、不产氧光合细菌纲和产氧光合细菌纲)、厚壁菌 ......