在非变形聚丙烯胺凝胶上,短的单链DNA和RNA分子依其碱基序列不同而形成不同构象,一个碱基的改变将影响而导致其在凝胶上的移动速度改变。基本原理是利用癌基因或抑癌基因某个编码子部位存在已知的限制性内切酶位点,用连续两次的巢式PCR来扩增包括该限制性内切酶位点的DNA片段,野生型因被酶切而不能进入第二次PCR扩增,而突变型能完整进入第二次PCR扩增。检测基因突变还可以采用变性梯度凝胶电泳法、等位基因特异性寡核苷酸分析法、DNA芯片技术、连接酶链反应、等位基因特异性扩增法(ASA)、RNA酶A切割法、染色体分析 ......