第四节 蛋白质空间结构预测及建模

蛋白质空间结构测定的速度远远落后于其氨基酸序列测定的速度。从氨基酸序列到蛋白质空间结构的编码关系，被称为第二遗传密码。这一似乎矛盾的现象暗示了局部氨基酸片段可能暗含了蛋白质空间结构的信息，因为蛋白质水平的进化选择是在空间结构而非序列上进行的，因而，从蛋白质序列比对结果中提取残基变化模式能够给出特定的结构细节。其中最常用的是PHD，它主要是将蛋白质序列比对信息与神经网络方法结合起来进行二级结构预测，在预测中考虑了局部序列上下文关系和整体蛋白质性质（蛋白质长度、氨基酸频率等），其预测准确率可达到70%以上。 ......