主要与外周血血细胞减少尤其是全血细胞减少的疾病相鉴别。部分急性白血病(尤其是急性早幼粒细胞白血病)表现为外周血全血细胞减少,幼稚细胞少见,称为非白血性白血病(aleukemic leukemia),可能与再障混淆,但骨髓中仍可见多数原始细胞,可资鉴别。急性造血停滞(acute arrest of hematopoiesis)多见于慢性溶血性贫血的患者,称为再障危象,但也可偶见于无溶血性贫血史的患者。其他需要鉴别的疾病还有淋巴瘤伴骨髓纤维化、大颗粒淋巴细胞白血病、多毛细胞白血病、恶性肿瘤骨髓转移和分枝杆菌感 ......