二、蛋白质三级结构的预测方法及软件

目前，蛋白质三级结构的预测方法主要有三类：同源模建法、折叠识别法和从头预测。有许多蛋白质氨基酸序列大不相同，但是却拥有极为相似的三维结构，在这种情况下同源模建法因为序列一致性太低而失效，因此，一些科学家还提出了一种预测蛋白质三级结构的新策略，这类方法被称为Threading方法或折叠类型识别方法。比对界面(Alignment Interface):这种模式要求用户提供两条已经比对好的序列,并指定哪一条是目标序列，哪一条是模板序列（模板序列应该对应于ExPDB模板数据库中一条已经知道其空间结构的蛋白序列）。 ......