孤儿株区别于同型其他亚型毒株,它的发现为EV71起源和进化以及基因多态性提供了新的证据,在病毒进化分析中存在重要意义。20世纪90年代分离于哥伦比亚和巴西的6658‐COL‐94和73442‐PA‐99与B型的同源性分别为88.2%和89.5%,均高于85%,但与B1亚型~B4亚型的同源性均低于这些亚型内部的同源性,可以认为这两株孤儿株很可能代表了B型病毒中的新亚型(B5或B6)。可以认为EV71病毒在亚太地区的起源很可能早于最先报道的时间,而一些孤儿株,如R13223‐IND‐01和0667‐CHN‐8 ......