H . pylori目前被分类学归为革兰阴性细菌下属的变形菌分支,已完成测序的流感嗜血杆菌和大肠埃希菌也属于这一分支。如果这种分类方法主要是基于16SrRNA的比较分析,那么H . pylori的蛋白成分就应与同属于革兰阴性菌的流感嗜血杆菌和大肠埃希菌的同源蛋白具有更高的相似性,而不是与生殖道支原体,肺炎支原体和啤酒酵母菌等微生物的蛋白具有同源性。这种不一致的序列相似性可解释成是生物体在进化过程中的一种侧向基因转移的证据,也可能是H . pylori在早期即从种族中分支形成γ变形菌并维持了这些酶的原始特点 ......