二、双序列比对算法

生物序列（DNA序列、RNA序列和蛋白质序列）可以看作是由固定的字母表中的字母所组成的字符串，两条序列s和t的比对可以简单的表示为：把s和t这两条序列上下排列起来，在某些位置插入空位，然后依次比较它们在每一个位置上字符的匹配情况。从而找出使这两条序列产生最大相似度得分的排列方式和空位插入方式。假定探测序列s和目标序列t是两个被比对的蛋白质序列，且长度分别为| s | = m，t|=n。对一个探测序列，它与数据库中每一个序列都产生一个初始记分。初始记分然后用于对所有数据库序列进行排序，对排序最高的若干序列用 ......