二、系统发育树重建方法

在研究从病毒到人类的各种生物的进化历史中，DNA或蛋白质序列的系统发育分析已经成为一个重要的工具。由于不同的基因或DNA片段的进化速率存在较大的差异，我们可以通过这些基因或DNA片段来估计几乎所有水平上的有机体间的进化关系。系统发育分析对于阐明多基因家族的进化关系，以及理解在分子水平上的适应性进化过程也是十分重要的。最大简约法：在采用等位频率来重建人类种群间的关系时，研究者建议进化树的合理估计为进化总数的最小值，这种方法在应用于离散数据时被称为简约法，而最小进化法在今天被看做是对重复突变进行修正后枝长总数 ......