虽然不同种属、不同个体的MHC结构不尽相同,但其编码的蛋白分子在化学结构、组织分布及功能上均十分相近。随着对MHC结构及其与TCR的相互作用的深入研究,特别是MHC与抗原肽的结合特征的研究,为肽疫苗的设计及其在肿瘤、自身免疫性疾病和感染性疾病中的应用提供了直接的证据。另一方面通过抗原肽和MHC结合特征,获得候选抗原中可能的抗原肽,再通过人工合成抗原肽,经过具有抗原特异性CTL克隆的识别和杀伤实验,最终确定有意义的抗原肽用于疫苗设计。目前已有一些网站可用于抗原肽的功能和结构预测,如http : / / ww ......