液相层析中的离子交换层析、体积排阻(分子筛、凝胶过滤)层析、疏水层析及亲和层析是蛋白质多肽分离中的主要层析方法。的分子间的相互结合是一种特异性的结合,利用这种性质,把与目的蛋白具有一定结合能力的分子(如糖、蛋白、多肽、核酸及其他类型分子,统称为亲和层析的配基)共价连接在固定相基质上,让含有目的蛋白的混合物流过层析柱,则目的蛋白就可能从众多的杂质中被选择性地吸附。疏水层析的选择性及分离效果除与所使用的层析柱或填料有关,还与平衡上样时使用的盐种类与浓度有关,例如常用于疏水层析的盐有(NH4)2SO4,Na2S ......