第二节 序列比较方法

在分子生物学研究中，对于新测定的碱基序列或由此翻译得到的氨基酸序列，往往需要通过数据库搜索，找到具有一定相似性的同源序列，以推测该未知序列可能属于哪个基因家族，具有哪些生物学功能。对于氨基酸序列来说，有可能找到已知三维结构的同源蛋白质而推测可能的空间结构。因此，数据库搜索与数据库查询一样，是生物信息学研究中的一个重要工具。FAST A在数据库中预检很短的与检索序列显著地共有一些相同子序列的序列，然后（若使用优化分值）使用Smith‐Water man算法扩展这些匹配，这样很快就可判明数据库中可以不进行进一 ......