人类的肠道实际就是一个包含有细菌、古生菌、酵母菌以及丝状真菌的复杂生态系统。虽然古生菌及真菌的种类极其有限,同属于物种分类的一个菌门之下,然而消化道细菌的种类却颇为众多。共有九个菌门的细菌栖身于人类消化道之中,其中厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门为消化道微观世界的主要居民。变形菌门虽仍常见且种类繁多,但较之前面三个菌门的细菌数量上并不占优势。在肠道的不同部位,由于pH、营养状况的不同,微生物的种类分布亦有很大的不同。使用广谱抗生素时较易发生的二重感染有:难辨梭状芽胞杆菌肠炎、真菌性肠炎、口腔真菌感染、白色念珠 ......