DNA甲基化对细胞分裂过程前后的组蛋白修饰模式的保持起到作用。在转录过程中,复制叉(replication fork)附近的染色质结构完全被破坏,因此在复制叉经过后,应该有一定的机制可以保持染色质状态得到很好的复原。包含甲基化的CpG的区域在转录后重新组装为紧致的结构,而非甲基化的区域倾向于重新形成开放的染色质构象。使用ChIP技术发现,非甲基化的DNA倾向于和包含乙酰化修饰的组蛋白共处,而这种组蛋白正是开放染色质的标志。DNA甲基化和组蛋白修饰之间的关系可以部分受甲基化胞嘧啶结合蛋白例如MECP2或MB ......