在人体的表皮、上呼吸道、消化道、尿道、外生殖器、眼结膜与外耳道等表面寄生很多的细菌。胃内正常菌群为需氧菌,大多为革兰阳性菌,细菌浓度< 103CFU/ml,主要分离菌为链球菌、葡萄球菌、乳酸杆菌和真菌,而肠杆菌科细菌、梭状杆菌、类杆菌则极少见。空肠细菌浓度< 105CFU/ml,主要仍为革兰阳性的需氧菌,也常分离到肠杆菌科细菌和厌氧菌。在结肠,细菌浓度高达1011~1012CFU/ml,粪便干重的1/3为活的细菌,而厌氧菌的数量超过需氧菌100~100000倍,主要菌种为类杆菌、双歧杆菌和真杆菌,厌氧球菌 ......