二、多序列比对存在多种种类

从不同角度分类，存在着许多不同的多序列比对。从比对的数据看，存在着DNA序列、RNA序列和蛋白质序列的比对，对于DNA序列，还存在基因序列的比对和非基因序列的比对。上述经典的全局比对和局部比对只关注序列中的一个保守区，而越来越多的多序列比对需要处理包含多个保守区的超长序列甚至是整个基因组序列，这种需求导致了许多多序列比对技术的发展。对于一组序列，多序列比对可揭示由进化而导致的序列上的差异并进而根据这些差异重构种系发生过程。因此，对进化上没有关联的序列进行比对一般是没有意义的，而当序列之间的同源性难以断定时 ......