腹部和消化系统医院内感染的传染源包括患者、病原携带者、已感染的动物等生物性传染源。也包括患者衣物、食品、医疗器械、医疗预防制品及有利微生物生存的环境等。在有些地方传染源主要是医护人员。有的是条件致病菌,从外环境中进入人体,可在人体寄居,一般并不引起临床症状,一旦机体抵抗力降低或由于治疗器械经过该部位(如手术等),则可发生感染。动物传染源在医院感染中主要是鼠类。如湿化瓶、空调、注射器械、血液、血液制品、食物、饮用水等,常可存有病原体,有的病原体还能繁殖,称为“环境储源”。