蛋白质的一些功能特征可以通过蛋白序列直接推算出来,通过组成蛋白质的20种氨基酸的物理和化学性质,分析已知或未知蛋白质的性质,如等电点/分子量、疏水性、跨膜螺旋、卷曲螺旋及信号肽等。下列网址提供了免费的分析软件:等电点/分子量预测:Compute pI/MW是Ex‐PASy工具包中的程序,可计算蛋白质的等电点和分子量,但对于碱性蛋白质其计算出的等电点可能不准确。引导序列和信号肽分析:可分析原核及真核细胞蛋白序列,预测蛋白质序列中信号肽的剪切位点。卷曲螺旋分析:将序列与已知的平行双链卷曲螺旋数据库进行比较,得到相似形得分,并据此推算出序列形成卷曲螺旋的概率。
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