二、基于受体结构的药效团

基于受体结构的药效团主要在配体‐受体复合物的晶体结构已经清楚的条件下使用，操作步骤如下：1 ﹒受体结构的输入及活性位点的定义。要构建基于受体结构的药效团，首先必须找到受体的三维结构。在确定好受体的活性位点之后，药效团软件Discovery Studio会自动使用Ludi算法搜索受体活性口袋的表面，对于受体活性口袋中可能与配体形成相互作用的残基，Discovery Studio会自动在该处添加一个配体药效特征（包括氢键给体、氢键受体和疏水中心）。对于这个初步模型，还需要依据受体‐配体复合物的结构，分析配体‐受体相互作用关键位点，对药效团模型进行验证和优化。