焓和熵对结合能的贡献可大可小,可正可负,取决于配体和受体结合前后的状态。配体与受体形成复合物是个复杂过程,包括多个环节:一些极性基团为参与结合要先去除溶剂分子(去水合作用)。为了暴露出被掩盖的亲脂性(疏水性)基团或片段以参与疏水-疏水作用,规则排布的溶剂分子(水分子)离开疏水表面进入大体积水的无序状态。柔性配体和受体结合部位为了构象的相互适配而限制在某种“活性”的构象,降低了构象自由度。结合后的配体和受体,被限制和束缚在复合物中,失去平动和转动的自由度。结构优化就是基于受体的三维结构特征,在适当的部位配置适宜的基团,克服焓-熵补偿作用,提高结合能。
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