药物蛋白质组学(pharmacoproteomics,又译为蛋白质组药理学)的研究内容包括临床前新药和靶标的发现、药物作用机制、副作用和毒理学等研究,以及临床疾病特异性蛋白作为有效患者选择的依据和临床试验的标志。应用类似于药物基因组学的方法,按照蛋白质谱来分类患者,并预测药物作用的疗效。在许多方面,临床试验包含了药物蛋白质组学在肝酶和其他的血浆蛋白测定的内容。在这些不同的人群组中,疾病过程和药物作用对蛋白质表达的影响能够得到快速研究。二维凝胶电泳和质谱的结合与精致的生物信息学建立了一套强有力的、通用的方法,用于蛋白质的分布作图和确定蛋白质的结构特征,使得药物蛋白质组学至少具有与遗传学水平上相同的作用。
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