[文献资料]三、构象空间搜索法

有了力场，和相应的初始链，接下来的问题如何搜索寻找低能量构象。这种方法比系统搜索法更加有效，其原因是和分子中可旋转的单键相比，其组成的“结构片段”会少些。片段连接法的第一步是要确定构造整个分子需要哪些“结构片段”，这些结构片段一般通过子结构匹配的方法来确定。确定了“结构片段”以后，就需要产生所有片段的构象模式，一般采用一个片段数据库来储存这些“结构片段”的典型构象。随机搜索的一个较大的问题是在有限的搜索时间之内，判断搜索得到的构象是否为能量最佳的构象难度较大，因此，在制定计算的结束定义的标准时存在较大的困难。或者说计算中定义了足够多的循环次数，其覆盖构象空间已足够大。