卡那霉素与有耳毒性的药物(如紫霉素)合用,会增加对第八对脑神经的损害,可引起耳聋。因卡那霉素与强利尿药速尿、利尿酸合用时,其不良反应增强,可引起听觉及前庭功能障碍,造成永久性或暂时性耳聋。卡那霉素在碱性环境中作用较强,各种蔬菜、豆制品等食物可碱化尿液,食之可增加疗效,而肉、鱼、蛋、乳制品与素食混合可酸化尿液,醋、糖等亦为酸性食物,故应避免食用。