乙酰胆碱酯酶是一种多分子型糖蛋白,含有少量的氨基葡萄糖和半乳糖胺。含有类胶原结构单元的分子有4个催化亚单位,每个催化亚单位通过二硫键连接于螺旋形类胶原亚单位上,其中类胶原与基底膜胶原和原胶原相似。类胶原亚单位在其氨基端与羧基端无胶原顺序,与突触基底成分结合。包括1个四聚体(A4)、2个四聚体(A8)和3个四聚体(A12)。其同质的分子形式二聚体、四聚体或八聚体的形式存在,此外也有单体的分子类型,包括球型单体G1、二聚体G2和四聚体G4。立体结构分析显示,其最突出的特征是有一深而窄的裂隙,乙酰胆碱酯酶的催化活性集团即位于此裂隙中。
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