本品口服后,吸收只有10%左右。如制成微粒或脂肪餐后服用,可促进药物的吸收,血药浓度增高。其半衰期为13~14小时,血清蛋白结合率约为80%。本品吸收后分布于全身各组织中,以皮肤、肝脏、脂肪和骨骼肌含量较高,可沉积于皮肤的角质层和毛发新生成的角质部分,与皮肤毛囊及指甲等的角蛋白相结合,防止敏感皮肤真菌的继续进入,存在于浅表角质层的致病真菌则随皮肤或毛发的脱落而离开人体。本品也可进入胎儿循环及自乳汁中分泌。灰黄霉素在肝内灭活,以原形自尿中排泄者不足1%,约16%~36%自粪便排出体外。本品吸收后沉积于上皮的角蛋白层中,并渗入毛囊,从而能消除真菌感染。巴比妥类药物对肝酶的影响可使本品灭活增快,血药浓度降低。
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