所有复杂疾病研究的一个共同特点是在检测和复制连锁上都有一定的难度。在疾病中可能涉及到大量位点的相对普遍的等位基因,总的来说每一个都有一个相对较小的效果,需要研究好几百甚至好几千个受感染的同胞并建立连锁才可以解释这种现象。另外可能涉及到复杂疾病中相对罕见的一些病例,进一步阻碍了检测疾病过程中所涉及到的所有基因的进程。两个最近的第二代Ⅰ型糖尿病染色体扫描继续说明在复杂疾病连锁研究中可见的异质性。过多的错误连锁还从未成为复杂疾病的问题。相反的,我们很难发现易感基因的任何证据。