对低分化腺癌、肿瘤侵犯浆膜或局部淋巴结转移者给予术后辅助化疗,化疗一般于术后2~4周开始,1~2年内给予3~4个疗程化疗。化疗还用于术后复发转移及晚期不能切除的患者。由于GIST属于富血管肿瘤,对于肝脏转移者可进行肝动脉栓塞术或肝动脉栓塞化疗术,介入治疗常用的化疗药物如顺铂、多柔比星和丝裂霉素,栓塞剂如明胶海绵、液碘油和聚乙烯乙醇颗粒等。因单药有效率低,故多用联合化疗方案,有效率为30%~50%。