近年来,病原治疗有很大进展,以头孢菌素、氟喹诺酮类治疗细菌感染,吡喹酮治疗血吸虫病及其他吸虫病和脑囊虫病的成绩尤为突出,抗病毒和抗真菌药物虽然有一定进展,但至今品种少,毒性较强。肺炎球菌及溶血性链球菌对青霉素很敏感,克林霉素、甲硝唑可治疗脆弱类杆菌感染。真菌感染目前常用唑类抗真菌药,抗菌谱广、毒性低、疗效好、使用方便,如氟康唑、克霉唑、酮康唑及埃塔康唑。当怀疑有卡氏肺囊虫引起的肺炎时,可选用复方磺胺甲肟唑治疗。当怀疑为支原体或衣原体感染时可选用青霉素、红霉素等药物治疗。