传统药物设计从总体上来讲,缺乏成熟完善的发现途径,具有很大的盲目性,一般平均要筛选10000种化合物以上才能得到一种新药,因此开发效率很低,很难迅速得到合适的新药来治疗越来越多的疑难杂症。随着对靶目标(酶、核酸或其他生物大分子受体)三维结构的精确了解、药物定量构效关系的深入研究、计算机图形学和分子模拟技术的发展以及与药物化学的交叉渗透,药物设计进入了理性阶段,合理药物设计应运而生。