能对所分离的蛋白进行准确的、可重复的定量检测是理想蛋白质组平台技术的关键。目前有多种方法用于双向凝胶电泳分离后的染色、检测,但都有其局限性。在将来的蛋白质组研究中,那些可用于自动化的技术将得到最大程度的应用。这种方法不仅能检测所分离的蛋白,而且允许双标记实验,利用不同的放射性标记可同时鉴定不同细胞、不同生理生化过程中的蛋白质组变化。另外不同的蛋白质即使在含量相同的情况下,由于其携带反应基团数量的差异,其染色程度也可能有所不同,上述方法对蛋白质含量的测定只能是一种半定量的测定。