过氧化氢遇到组织中的过氧化氢酶时立即分解释放出新生氧而发挥杀菌作用和除臭作用。但其作用时间短(仅在产生氧气泡时有效),且受有机物的影响,故杀菌作用较弱。在冲洗细窄的根管时,压力不要过大,并应使气泡有逸出的通路。少量氧气气泡进入组织内,压迫毛细血管,可有轻微的止血作用。市售的3%过氧化氢液为酸性,对粘膜有一定的刺激,长期使用时,应加少量的小苏打液,以中和酸性。30%过氧化氢对牙齿有一定的漂白作用。