所谓从头预测法(ab initio prediction)是指根据水溶液中其天然构象能量最低原理,通过不同空间构象搜索得到最低能量构象,从而获取其相应的蛋白质的天然构象。但由于其不受同源性的限制,加上其预测方法与蛋白质折叠动力学方法有着密切的关系(可以说是同一个领域),因此还是受到许多优秀预测工作者的青睐。