关于抗生素后效应的机制目前尚不明确。氯霉素类、克林霉素类、四环素类等可与细菌核糖体可逆性结合,干扰蛋白质合成,呈现抗生素后效应。氨基糖苷类与细菌接触后,可导致持续性蛋白合成障碍,产生较强的抗生素后效应。学说之二是抗生素后促白细胞效应,系指细菌与高浓度抗生素接触后,菌体发生变形,更易被吞嗜细胞识别和杀伤,产生了抗生素与吞噬细胞协同杀菌作用,是导致体内抗生素后效应的主要机制。