由于酵母中缺乏适当的修饰酶,某些蛋白质相互作用所必需的翻译后修饰不可能发生,这在某些高等有机体诱饵蛋白质的研究中构成一种限制。特别是用高等真核系统信号转导诱饵相关的诱饵时,问题会更加严重。如果酵母中过度表达的修饰酶有毒性,就可能限制这一类方法的使用。一般来说,这一方法的最成功之处是用于具有限定底物特异性的激酶或其他转录后修饰酶,或将修饰酶置于一种可诱导或可抑制的启动子的控制之下。