一般认为应选择较大剂量的青霉素类、链霉素、头孢菌素类等杀菌剂,它们能穿透血小板‐纤维素的赘生物基质,杀灭细菌,达到根治瓣膜的感染、减少复发的危险。疗效取决于致病菌对抗生素的敏感度,若血培养阳性,可根据药敏选择药物。由于细菌深埋在赘生物中,被纤维蛋白和血栓等掩盖,需用大剂量的抗生素,并维持血中有效杀菌浓度。如疗效欠佳宜改用其他抗生素,如半合成青霉素苯唑西林、阿莫西林、哌拉西林(氧哌嗪青霉素)等,每日6~12g,静脉给予。妊娠期常见抗菌药物危险性分级(见第一节上呼吸道感染)。