社区获得性肺炎的病原主要涉及细菌、支原体、衣原体和病毒四大类。就细菌病原来说,社区获得性肺炎,除结核杆菌和军团菌可直接通过飞沫吸入到肺实质,假单胞菌可直接定居于气管外,其余均为通过吸入来自自体咽喉部的感染因子而获得的。临床较为常见的社区获得性肺炎的细菌病原是肺炎链球菌、结核分枝杆菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、军团菌、克雷伯杆菌和卡他莫拉菌等。一些重型社区获得性肺炎患者多发生在60岁以上者且多具某些基础疾病如糖尿病,慢性阻塞性肺疾患,这些患者则有较大比例(20%~30%)的病原为革兰阴性杆菌。
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