（三）样本的分类

一旦靶基因被选择出来，从多个基因得到的信息就可以用来将药物按照毒性进行分类，并决定其属于哪一类。许多方法被用来对芯片实验中的样本和基因进行分类。样本的分类从已知的样本开始，结合已知样本的基因表达的变化去决定未知样本的类型，成功的分类取决于已知样本的变化是否能精确反映人体毒性反应的变化。另外一点，就是要证明这些基因变化的组合对于接下来的分类是相对特异的，对正常或病理的分类必须考虑所有正常状态和病理状态的可能性。尽管有这些不利因素，但当样本数非常少、不能用统计方法来推断的时候，聚类的方法依然经常被使用。