细菌细胞膜与细胞的细胞膜相似,是一种具有高度选择性的渗透性屏障。而某些细菌由于膜孔蛋白较少或蛋白通道较小,使某些抗菌药物不能进入菌体内部,产生所谓“内在性耐药”或称“固有性耐药”,即这种耐药并非是由于任何染色体的突变或是耐药质粒的获得所致。如铜绿假单胞菌的细胞外膜上没有大多数革兰阴性细菌所具有的典型的高渗透性孔蛋白,它的孔蛋白通道对小分子物质的渗透速度仅为典型孔蛋白通道的1/100。已进入临床应用的碳青霉烯类抗生素亚胺培南导致细菌细胞自溶的作用可因头孢替安的协同而增强,其机制是亚胺培南先引起细胞壁的破损,而头孢替安则加速了细菌的自溶。
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