MAXSUB由Siew于2000年建立,它实际上不应属于蛋白质结构相似的比对方法,它应属于比较模型的质量。它在自动检测模型质量中很有用。其基本算法如下:对某个蛋白质(一个为实际结构,一个为预测模型),选定片段长度L(L一般为。至此,我们介绍了两种描述蛋白质结构相似性的方法。