真核生物的Topo Ⅱ为同源二聚体,其前体相对分子质量约为160 × 103~180 × 103。N末端包括前600个与DNA旋转酶的B亚基同源的氨基酸残基,其中含有与ATP结合的同源序列。中部的功能域延伸至前1200个氨基酸残基,与旋转酶的A亚基同源,其中的804位酪氨酸残基在催化反应中与DNA形成共价键。C末端序列因不同生物而异,在旋转酶中并没有相对应的同源区域,这一可变区域富含带电子的氨基酸残基并且有核酸定位的序列以及体内的磷酸化位点。在反应中,巨大的酶结构伴随着DNA双链的移动而重新定位,Topo Ⅱ的整个催化反应在ATP水解的情况下才能完成。
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