目的序列与载体DNA正确连接的效率、重组导入细胞的效率都不是百分之百的,因而最后生长繁殖出来的细胞并不都带有目的序列。一般一个载体只携带某一段外源DNA ,一个细胞只接受一个重组DNA分子。最后培养出来的细胞群中只有一部分,甚至只有很小一部分是含有目的序列的重组体( recombinant ) 。将目的重组体筛选出来就等于获得了目的序列的克隆,所以筛选( screening )是基因克隆的重要步骤。未知序列的核酸克隆要测定序列才能确知其结构,推测其功能,用于进一步的研究。