蛋白质相互作用分析常被描述成包括蛋白质‐蛋白质、酶‐底物、蛋白质‐DNA、蛋白质‐寡核苷酸链以及蛋白质‐药物相互作用,采用高密度蛋白芯片分析DNA、RNA、小化学配体、蛋白质结合情况。酶‐底物芯片应用于限制酶、磷酸酶、过氧化物酶、磷酸激酶,还能在基因组研究中提供一些功能方面的数据,当然以上分析都必须在生物体中以蛋白质网络的水平考虑其功能。应用类似的方法可以作出用于分析人类或真核细胞蛋白质组的超级蛋白质组芯片。固化蛋白质分子和小的有机化合物的微芯片也许在未来的高通量药物筛选中有重要的作用。这些技术还能平行化高通量微量化的检测配体受体相互作用的情况。
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