第三节 药效团实验方法和操作步骤

基于配体共同特征的药效团使用的是Catalyst中的Hiphop算法，主要用于从一组预先收集好的活性小分子配体出发，进行分子叠合和共同药效特征搜寻，从而得到基于配体共同特征的药效团。利用得到的药效团模型，用户可以搜索化合物数据库从而寻找骨架新颖的先导化合物分子。如图2‐9所示为药效团模型1，我们可以看到这个药效团模型由四个氢键受体（绿色），四个氢键给体（紫色）以及三个疏水中心（蓝色）组成。Rank代表对每个药效团模型的评分值，一般Rank值越高表明该药效团模型可能越可靠。DH代表直接（完全）匹配，六个1代表训练集中的6个分子全部能够与该药效团完全匹配。MaxFit代表训练集分子中，与该药效团匹配程度最高的分子Fit Value是7。