许多学者认为,全麻药最终可能作用在蛋白质上。不仅因为在蛋白质的结构上也存在着类似脂质的疏水区,全麻药分子应与之产生相互作用,而且近期许多研究显示,全麻药对各类受体和离子通道产生直接影响(详见全麻药对离子通道的影响)。虽然尚未最后阐明吸入全麻药是通过作用在周围的脂质或第二信使,抑或直接与通道蛋白特异性结合而影响通道对离子的通透,但已有证据表明,全麻药直接作用在离子通道口上或与通道内某些残基结合而产生通道阻滞作用。更重要的是蛋白学说至今仍未形成较系统的理论,未能对全麻机制研究中的一些重要事件作出解释,如全麻药的脂溶性‐作用强度的一致性与蛋白质作用是何关系,压力逆转全麻时是怎样通过蛋白质实现的等。
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