病原体对多种化疗药物的敏感性降低称为多重耐药(multi-drug resistance,MDR)。其中细菌的多重耐药问题已经成为全球关注的热点,也是近年来研究和监测的重点。由于基因盒所携带的基因多为抗菌药耐药基因,整合子的水平传播则被认为是耐药基因传播最有效的方式,同时也是临床多重耐药株出现的主要原因。更可改变青霉素结合蛋白,产生新的PBP-2a,对β-内酰胺类抗生素高度耐药,并且对万古霉素以外的所有抗金黄色葡萄球菌的抗菌药物形成多重耐药。