系统生物学研究方法有“干”、“湿”两大技术平台。将“湿”平台获得的各种生物信息转换为数字化信息,变成不同学科的共同语言,进行归纳和数学建模,建立生物系统的理论模型,提出若干假设和预设,也就是所谓的“假设驱动的研究”。系统生物学应用的技术多为高通量技术,如蛋白质技术中应用双向电泳、多维色谱与生物质谱,又如毛细管电泳、毛细管色谱、模拟蛋白结构和折叠,氨基酸测序等。系统生物学面临的任务是整合多层次、多类型的信息,如序列数据、表达数据、途径数据,以及生物实验数据等等。以及数量巨大的蛋白质和RNA结构或功能分析软件,从一级序列到空间结构,利用这些数据和工具可以对不同类型的数据开展综合研究。
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