化学蛋白质组学作为一种新兴的组学研究方法,其技术和方法将不断成熟,在药物作用靶点的发现、确认和药物的优化等方面都将起重要的作用,并将大大提高药物发现的效率。因此可通过化学蛋白质组学技术进行研究,获得相关的蛋白质靶点的信息,通过比较不同药物之间靶蛋白质及其生物功能的相关性,借助网络生物学技术来阐明药物联合使用时在分子水平上的协同作用和拮抗作用机制,则能够通过联合用药或调整药物来预防不良反应的发生。目前,已经有许多基于化学蛋白质组学的方法来鉴别和验证中药靶蛋白质的例子。